Les rotavirus sont présents dans la plupart, si pas dans la totalité, des élevages porcins avec presque 100% de séroconversion chez les animaux adultes. Chez le porc, on distingue différents groupes (A, B, C, E) et les rotavirus de groupe A sont les plus fréquents et les plus pathogènes. Le virus est très résistant dans l'environnement et à divers désinfectants. Malgré ses caractéristiques, le rotavirus n'est que rarement la cause primaire de diarrhée chez le porc. Les diarrhées très aqueuses sont principalement présentes chez les jeunes porcelets dans l'enclos de mise-bas. Chez les porcelets plus âgés et sevrés, les signes cliniques sont moins sévères bien qu'en présence d'E. coli, le virus puisse causer des symptômes graves et conduire à la mort.
Un vaccin inactivé contenant une souche de rotavirus porcin de groupe A et différents sérotypes d'E. coli entérotoxigènes exprimant les facteurs d'adhésion F4, F5 et F41 est disponible. Un vaccin combiné contenant le rotavirus porcin, l'E. coli entérotoxigène et Clostridium perfringens est aussi disponible. Voir aussi Vaccins contre la diarrhée néonatale causée par les souches E. coli entérotoxigènes (ETEC) et Vaccins anti-clostridiens pour porcs.
Pour la vaccination des cochettes et truies gestantes afin d'induire l'immunité maternelle des porcelets allaités.