Rotavirussen zijn aanwezig in de meeste, zo niet in alle varkensstapels met vrijwel 100% seroconversie in volwassen dieren. Bij het varken worden verschillende groepen onderscheiden (A, B, C, E) en groep A rotavirusses zijn de meest voorkomende en pathogene. Het virus is zeer resistent in de omgeving en tegen verschillende desinfectantia bestand. Ondanks deze eigenschappen is het rotavirus slechts zelden de primaire oorzaak bij diarree bij het varken. Erge waterige diarree wordt vooral bij jonge biggen in de kraamstal gezien. Bij oudere, gespeende biggen zijn de symptomen milder, al kan het virus in combinatie met E. coli voor ernstige symptomen en sterfte leiden.
Geïnactiveerd vaccin met porcine groep A rotavirus en verschillende serotypes van enterotoxigene E. coli die aanhechtingsfactoren F4, F5, F6 en F41 tot expressie brengen. Een combinatievaccin bestaande uit rotavirus, enterotoxigen E. coli en Clostridium prefringens is ook beschikbaar. Zie ook Vaccins tegen neonatale diarree door enterotoxigene E. coli-stammen en Clostridia vaccins voor varkens.
Voor de vaccinatie van drachtige zeugen en gelten om maternale immuniteit op te wekken bij zogende biggen.