De toepassing van antibiotica bij darmaandoeningen is minder vaak geïndiceerd dan algemeen wordt aangenomen. Meestal is het voldoende om de gevolgen van diarree te behandelen (bv. met rehydratantia). Indien voor een antibiotische behandeling gekozen wordt, gaat de voorkeur uit naar middelen die niet of nauwelijks uit het maagdarmkanaal worden geabsorbeerd. Diarree kan ook worden veroorzaakt door bepaalde parasieten of protozoën (zoals coccidiën) die het darmslijmvlies aantasten.
Eén specialiteit op basis van paromomycine is bij kalveren niet alleen geïndiceerd voor de behandeling van bacteriële infecties met E. coli maar ook voor de behandeling van infecties met Cryptosporidium parvum.
Zie ook Aminosiden
De geringe absorptie bij orale toediening verhindert niet dat voor deze preparaten een wachttijd dient te worden gerespecteerd.